4月19 基因网络分析提供了大流行起源的“快照”

martinchi

https://www.cam.ac.uk/research/n ... of-pandemic-origins


来自英国剑桥和英国的研究人员使用遗传网络技术，重建了人类中COVID-19的早期“进化路径”，因为感染已从武汉传播到欧洲和北美。

通过分析将要从人类患者中测序的前160个完整病毒基因组，科学家们绘制了新冠状病毒通过其突变产生的原始谱系，从而产生了不同的病毒谱系。

“有太多的快速突变，无法整齐地追踪COVID-19家族树。我们使用了数学网络算法来同时可视化所有可能的树木。”剑桥大学的遗传学家彼得·福斯特博士说。  

这些技术最著名的是通过DNA绘制史前人类的移动图。我们认为这是它们首次被用来追踪冠状病毒（例如COVID-19）的感染途径之一。”

该团队使用了从2019年12月24日至2020年3月4日从世界各地采样的病毒基因组中获得的数据。研究发现，COVID-19的三个不同“变体”由紧密相关的血统簇组成，他们将其标记为“ A”，“ B”和“ C”。

福斯特和他的同事发现，武汉发现了与蝙蝠中最接近的COVID-19类型-“ A”型，即“人类原始病毒基因组”，但令人惊讶的是，它不是该城市的主要病毒类型。

据报道，居住在武汉的美国人看到了突变的“ A”型病毒，在美国和澳大利亚的患者中发现了大量的A型病毒。

武汉的主要病毒类型“ B”在整个东亚患者中普遍存在。不过，研究人员说，该变体没有进一步的突变就不会在该地区以外传播很多，这意味着在武汉发生了“创始人事件”，或者说对东亚以外地区的这种COVID-19产生了“抵抗”。

“ C”变体是主要的欧洲类型，在法国，意大利，瑞典和英国的早期患者中发现。该研究在中国大陆样本中没有，但在新加坡，香港和韩国见过。

这项新的分析还表明，最早是在1月27日将这种病毒引入意大利，这是通过首次有记载的德国感染而来的，而另一种早期的意大利感染途径则与“新加坡群”有关。

重要的是，研究人员说，他们的遗传网络技术可以准确地追踪既定的感染途径：突变和病毒谱系在已知病例之间相互交织。

因此，科学家认为这些“系统发育”方法可以应用于最新的冠状病毒基因组测序，以帮助预测未来疾病传播和激增的全球热点。

剑桥大学麦当劳考古研究所研究员福斯特说：“系统进化网络分析有可能帮助识别未记录的COVID-19感染源，然后可以对其进行隔离，以遏制该病在全球的进一步传播。”大学的继续教育学院。

该发现今天发表在《美国国家科学院院刊》（PNAS）上。该研究中使用的软件以及1000多种冠状病毒基因组的分类和计数可从www.fluxus-technology.com免费获得。   

研究人员将变种“ A”与蝙蝠和穿山甲中发现的病毒最密切相关，称其为“爆发的根源”。类型“ B”源自“ A”，被两个突变分隔，然后“ C”又是“ B”的“女儿”。

研究人员说，“ B”变体在东亚的本地化可能是由“奠基者效应”造成的：遗传瓶颈是指在病毒的情况下，从一小群孤立的感染群体中建立了一种新类型时发生的基因瓶颈。

福斯特认为，还有另一种值得考虑的解释。“武汉B型病毒可以在免疫学或环境方面适应东亚大部分人口。它可能需要改变以克服东亚以外的抵抗。在初始阶段，我们似乎看到东亚的突变率比其他任何地方都慢。”

他补充说：“我们详细描述的病毒网络是流行早期的快照，当时COVID-19的进化路径被大量突变所掩盖。就像在行动中捕捉到了一颗超新星。”

自从进行今天的PNAS研究以来，研究团队已将其分析扩展至1,001个病毒基因组。尽管尚未经过同行审查，但福斯特说，最新研究表明，COVID-19的首次感染和传播是在9月中旬至12月初之间发生的。

研究人员使用的系统进化网络方法-可以在一幅简单的图中同时显示数百棵进化树-于1979年在新西兰开创，然后由德国数学家在1990年代开发。

这些技术引起了考古学家Colin Renfrew教授的注意，该教授是PNAS这项新研究的合著者，在1998年。Renfrew继续在剑桥大学建立了世界上第一个考古学研究小组之一。  

文学青年

说明了什么？

哈阿城

说明了最早的A系并不是在中国，中国和东亚主要是A系的后代B系在传播，而始发源A系主要在美国和澳大利亚，欧洲则主要是C系，而且意大利有一部分来自新加坡！但应该也有来自中国的！


来自: 华人街iPhone版

中国领先

我不想知道病毒的爷爷，奶奶，或者是姐妹，儿子还是孙子，我只要知道啥时候可以消灭它们，不然就是它们把我们消灭了，那么复杂的数据链是科学家去研究的事情，然后告诉我们该怎么做！这么复杂的病毒🦠基因突变应该跟科学家们一起探讨！谢谢



来自: 华人街iPhone版

一骑绝尘

再禁足一段时间,一定会产生大量的医学病毒专家。


来自: 华人街iPhone版

martinchi

快快乐乐q 发表于 2020-4-10 20:37
老外多说中国病毒

你该学大妓院的叫法，zhonggongbingdu

行无止境

谢谢楼主分享剑桥4月9日发表的文章，科学家们需要时间最终会找到病毒的源头，虽然现在的研究至少说明中国不是病毒的源头，但我们还是要等待追踪到源头的科学结论。想给中国扣帽子趁机想抢中国美元债券的那些强盗，看看他们敢不敢！